数字 PCR 技术（Digital PCR, dPCR）是一种新的核酸检测和定量方法。其核心原理简而言之即为“分而治之”（divide and conquer）。这种做法非常类似于计算机科学中的“分治算法”，将一个标准 PCR 反应分配到大量微小的反应器中，在每个反应器中包含或不包含一个或多个拷贝的目标分子（DNA 模板），实现“单分子模板 PCR 扩增”。扩增结束后，通过阳性和阴性反应器的数目确认目标序列的拷贝数。在实际的数字 PCR 实验中，事实上是通过呈现两种信号类型的反应器比例和数目进行统计学分析（泊松概率分布），计算出原始样本中的模板拷贝数。

数字PCR可以直接计算目标序列的拷贝数，因此无需依赖于对照样品和标准曲线就可以进行精确的绝对定量检测；此外，由于数字PCR在进行结果判读时仅判断有/无两种扩增状态，不需要检测荧光信号与设定阈值线的交点，不依赖于Ct值的鉴定，因此数字PCR的反应受扩增效率的影响大大降低，对PCR反应抑制物的耐受能力大大提高；数字PCR实验中标准反应体系分配的过程可以极大程度上降低与目标序列有竞争性作用的背景序列浓度，因此数字PCR技术也特别适合在复杂背景中检测稀有突变（能够检测血液cfDNA突变丰度1‰的稀有突变位点）。